System wyceny świadczeń był nieefektywny, pomimo na ogół prawidłowej realizacji zadań przez Agencję Oceny Technologii Medycznych i Taryfikacji i Narodowy Fundusz Zdrowia. Niejednolity sposób prowadzenia rachunku kosztów w podmiotach leczniczych znacząco utrudniał Agencji uzyskanie danych niezbędnych do opracowania taryf. Przekładało się to na długotrwały proces wyceny świadczeń, a co za tym idzie – na niski stopień (33 proc.) realizacji planów taryfikacji. NIK zwraca również uwagę, że taryfą objęto niespełna 17 proc. świadczeń opieki zdrowotnej finansowanych przez Narodowy Fundusz Zdrowia (ujęcie wartościowe).