Bez wystarczających środków finansowych, bez dostatecznej liczby wykwalifikowanych pracowników, bez właściwej koordynacji procesu przejmowania zadań i majątku od samorządów oraz z zaniedbaniami w zarządzaniu. Tak według Najwyższej Izby Kontroli przebiegał proces tworzenia i organizacji Państwowego Gospodarstwa Wodnego Wody Polskie, co miało niekorzystny wpływ na ponad dwuletnie funkcjonowanie tej instytucji. Warunków do tego by mogła ona w pełni i właściwie wypełnić swoje zadania nie zapewnili ani Pełnomocnik do spraw organizacji Wód Polskich, ani ich Prezes, ani władze samorządowe. NIK ma także zastrzeżenia do nadzoru Ministerstwa Gospodarki Wodnej i Żeglugi Śródlądowej.