Wydział Rejestru Kościołów i Innych Związków Wyznaniowych prowadzi informatyczny Rejestr kościołów i innych związków wyznaniowych, zwany dalej „informatycznym Rejestrem”, do którego są wpisane kościoły i inne związki wyznaniowe niemające uregulowanej sytuacji prawnej w formie odrębnej ustawy oraz organizacje międzykościelne. Informatyczny Rejestr działa na podstawie ustawy z dnia 17 maja 1989 r. o gwarancjach wolności sumienia i wyznania (Dz. U. z 2017 r., poz. 1153.) oraz rozporządzenia Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji z dnia 31 marca 1999 r. w sprawie rejestru kościołów i innych związków wyznaniowych (Dz. U. Nr 38 poz. 374), zwanego dalej „rozporządzeniem”.