Kontrole prowadzone są przez wydziały (komórki równorzędne) Małopolskiego Urzędu Wojewódzkiego w Krakowie na podstawie rocznego Planu kontroli zewnętrznych Małopolskiego Urzędu Wojewódzkiego w Krakowie na 2023 r., a także na podstawie innych planów kontroli opracowywanych i zatwierdzanych na podstawie przepisów szczególnych. Plany takie opracowują: Wydział Bezpieczeństwa i Zarządzania Kryzysowego, Wydział Programów Infrastrukturalnych i Rolnictwa, Wojewódzka Inspekcja Geodezyjna i Kartograficzna oraz Państwowa Straż Rybacka w Krakowie.