Przeprowadzona kontrola planowania i realizacji ustawowych zadań Funduszu Sprawiedliwości wykazała, że jego gospodarka finansowa była prowadzona z naruszeniem nadrzędnych zasad finansów publicznych, tj. jawności oraz celowości i oszczędności wydatków. Nie odpowiadała również, wynikającym z art. 29 ustawy o finansach publicznych, zasadom funkcjonowania funduszy celowych, które powinny służyć realizacji wyodrębnionych i konkretnie zdefiniowanych zadań państwowych. Działania Ministra Sprawiedliwości (dysponenta funduszu) oraz znacznej części beneficjentów umów dotacji skutkowały niegospodarnym i niecelowym wydatkowaniem środków publicznych, a także sprzyjały powstawaniu mechanizmów korupcjogennych. Minister nie zapewnił również wszystkim potencjalnym beneficjentom równoprawnego i transparentnego dostępu do środków publicznych. Zarówno w przypadku konkursów ofert dla organizacji pozarządowych, jak i dotacji dla jednostek sektora finansów publicznych, decyzje o udzieleniu dofinansowania były podejmowane w sposób uznaniowy i nie były należycie dokumentowane. Ponadto, pomimo obowiązku prawnego wynikającego z ustawy o finansach publicznych, nie były one podawane do publicznej wiadomości.