Z powodu przewlekłych procedur administracyjnych ponad połowę środków przeznaczonych na walkę z grypą ptaków wydano z naruszeniem prawa. Hodowcy zbyt długo czekali na odszkodowania, rzeczoznawcom brakowało doświadczenia, a w systemie szacowania strat były luki. NIK sprawdziła jak w 5 województwach przeciwdziałano rozprzestrzenianiu się grypy ptaków i zwalczano jej skutki. I choć kontrolerzy stwierdzili nieprawidłowości, to zdaniem Izby często były one usprawiedliwione - skalą zagrożenia i koniecznością szybkiego reagowania w sytuacjach kryzysowych.