Jednostki samorządu terytorialnego przeprowadziły centralizację rozliczeń podatku VAT, realizując w ten sposób obowiązek nałożony przez ustawodawcę. Popełniły jednak po drodze sporo błędów. Wpływ na to miały głównie skomplikowane i niejednoznaczne przepisy prawa oraz niejednolite orzecznictwo w sprawach podatkowych.